제주의 해녀는 과거에 제주도 수산 총소득의 절반 이상을 차지할 정도로 가계와 지역 경제의 핵심적 역할을 해왔다. 일제 강점기에는 생존권을 수탈하는 일제에 맞서 항일운동을 전개하기도 하였다. 이러한 제주 해녀의 끈질긴 생명력과 강인한 개척 정신을 기리기 위하여 북제주군(특별자치도 제주시로 통합)과 제주해녀항일운동기념사업회가 주관하여 제주해녀항일운동기념공원을 조성하였고, 해녀박물관도 이와 연계하여 조성되었다.
2003년 12월부터 조성 사업을 착공하여 2006년 6월 9일 개관하였다. 지하 1층, 지상 3층의 연면적 4,000㎡에 3개의 전시실과 영상실, 전망대, 어린이 체험관 등으로 이루어져 있다. 제1전시실은 해녀의 삶을 주제로 하여 해녀의 집, 어촌마을, 무속신앙, 세시풍속, 어촌생업을 재현하였다. 제2전시실은 물질, 나잠어구, 해녀 공동체등 해녀의 일터를 중심으로 꾸며졌다. 제3전시실은 고대의 어업활동과 희망의 바다 등 바다를 주제로 하여 어촌과 어업문화에 대한 이해를 높이도록 꾸며졌다.